Naruto, içine hapsedilmiş kyubii (9 kuyruklu efsanevi tilki) yüzünden Konoha halkı tarafından yaratık olarak görülüp kenara itilmiş bir çocuktur. Naruto'nun bütün hedefi Ninja akademisini bitirip, Hokage olmaktır.
Akademi'nin ilk bölümünü bitirip genin olarak mezun olan Naruto, arkadaşları Sakura ve Sasuke ile chunin olabilmek için yeni eğitimlerine başlarlar.
Yaramaz ve bir o kadar heyecanlı bir kişiliğe sahip olan Naruto, içindeki kyuubinin gücünü yavaş yavaş öğrenecektir.