Bin yıllar önce, dünyanın genç ve zengin kaynaklarla dolu olduğu zamanlarda, acımasız Shao Kahn, dünyayı Outworld denilen kendi krallığının bir parçası yapmayı istemektedir. Dünyayı korumak için, Outworld ve Earthrealm arasında Mortal Kombat adında bir dövüş turnuvası düzenlenir. 500 yıl önce Kung Lao, Shang Tsung’ı yenmiş ve onu bağışlamıştır. Shao Kahn, bu duruma çok kızarak Shang Tsung’ı tüm krallıkların en kötü, en pislik yeri olan (Earthrealm’in altında bulunan) Kobalt Madenleri‘nde hapseder. Kung Lao artık, dünyayı korumak için yeni nesil savaşçıları eğitmek zorundadır. Yanına eski bir muhafız olan Siro ve eski bir hırsız olan Taja’yı alarak gizemli şehir Zhuzin’de konuşlanırlar. Üçlü, Rayden’ın rehberliğinde hapis edilmiş, ama daha da güçlenmiş Shang Tsung ve seksi yardımcısı Vorpax’in başını çektiği kötü güçlere karşı savaşmaya hazırlardır.