Yu-Gi-Oh! serisinden yıllar sonrasını anlatan yapım, 2'nci sezon niteliğini de taşır. Ancak ana karakterler olarak konu başka kişiler etrafında dönüyor. Sonrasında ise konu, ilk sezondaki karakterlerimize de bir şekilde bağlanıyor, değiniyor.
Hikâyemiz Düello Akademisi'nde geçiyor. Seviyeye göre ayrılmış 3 okul küçükten büyüğe doğru Kırmız-Sarı ve Mavi okullardır. Baş karakterimiz Jaden Yuki ise Kırmızı okula giden başına buyruk, adalet duygusu güçlü bir kişidir. Sıcakkanlı kişiliği ile yanına çektiği arkadaşları ile Düello Akademisi'ndeki karanlık işlere ve dünyayı tehdit eden kötülere karşı mücadele vereceklerdir.