Uzak bir gelecekte dünya mahvolmuş, insanlık hareketli kale şehir Plantation’u kurmuştur. Plantation’da Pilot olmak üzere yaratılmış çocuklar aynı zamanda kuş kafesi olarak bilinen Mistillteinn’da yaşamaktadırlar. Burada gökyüzündeki özgürlük ya da dış dünya hakkında hiçbir şey bilmeden hayatlarını sürdüren ve Franxx adı verilen robotların pilotluğunu yapan çocukların tek görevi Kyouryuu adı verilen devasa yaşam formlarıyla savaşmaktır. Bu çocuklar için Franxx’ler hayatlarının anlamıdır. Bir zamanlar dahi olarak bilinen Code:016 kod isimli Hiro, görevini yerine getiremeyip başarısız olduğunda varlığı anlamını yitirmiştir. Günün birinde Zero Two ismiyle kendini tanıtan ve başının iki yanında boynuzları bulunan gizemli bir kızla tanışır.
The story is set in the distant future. The land is ruined, and humanity establishes the mobile fort city Plantation. Pilots produced inside Plantation live in Mistilteinn, also know as the "birdcage." Children live there knowing nothing of the outside world or the freedom of the sky. Their lives consist of battling to carry out missions. Their enemies are mysterious giant lifeforms known as Kyouryuu, and the children pilot robots called Franxx to face off against them. For the children, riding the Franxx proves their existence.