10 Ağustos 2010'da, Britanya imparatorluğu Japonya'ya savaş açar. Japonya, Britanya İmparatorluğu'nun en yeni silahı olan "Knightmare Frame"e karşı hiçbir şey yapamaz ve istila edilir. Japonya’nın adı “Alan 11” olarak değiştirilir ve vatandaşlarına da "11'ler" adı verilir. Japonya'da yaşayan Britanyalı Lelouch, Britanya’yı yok edeceğine yemin eder.
Savaştan yedi yıl sonra; Lelouch lisede okumaktadır. İçinde askeri bir sır barındıran kamyonu çalan teröristler yoldan çıkarlar. Lelouch, kontrol etmek için kamyonun yanına gider. Duyduğu ses yüzünden içine bakmak ister ama içeride mahsur kalır. Kamyon tekrar hareketlenir, üstelik peşlerinde Britanya özel kuvvetleri vardır. Teröristlerden Karen, Nightmare olarak adlandırılan dev robot ile karşı saldırıya geçer. Kaçmayı başaramayan Lelouch kamyonun içerisinde yakalanır. Onu yakalayan çocukluk arkadaşı Suzaku’dur. Bu sırada kapalı olan bölme açılır ve içinden esrarengiz bir kız çıkar. Bu sırada olay yerine gelen Britanya askerleri Lelouch ve kızı yakalar. Leouch'un vurulmasına engel olmak isteyen Suzaku, Britanya askerleri tarafından vurulur. Lelouch’un öldürülmesine engel olmak isteyen kız da vurulur, ölmeden önce Lelouch’a özel bir güç “GEASS” verir. Lelouch, bu gücü Britanya İmparatorluğunu yok etmek için kullanmaya karar verir.
